Det beror nog även på hur stor påverkan det externa libbet har på koden, för är det något som man tycker är lite fult, så vill man ogärna ha det överallt. Och säkert även på projektets storlek; i min egen kod, där har jag inga som helst problem med att byta ut vad som helst, det är bara att göra det och fixa felen. På jobbet med skitmånga inblandade, och veckolånga releaseprocessor, så hade jag nog funderat över en wrapper ifall jag inte var säker på libbet jag valde (nu är vi väldigt nih på jobbet, så det har inte blivit aktuellt

).
För tillfället använder jag zlib, bzip samt d3dx (och säkert något annat jag glömt) som externa lib. zlib/bzip är begränsade till mina file-io rutiner, som har mitt egna gränssnitt utåt, och d3dx är så innästlat överallt, att det tänker jag inte ens på som ett lib längre.
Om du bestämmer dig för att wrappa något, så bör du också fråga dig "hur är det tänkt att använda hans lib, och kommer min wrapper att funka på samma sätt". Jag tror det är lätt att man gör något knöligt om man wrappar ett API som det är tänkt att använda på ett visst sätt, med funktioner som innebär att man måste jobba med det på ett annat sätt.